Vor kurzem musste ich mit einer Typo3 Installation mehrere Domains einrichten. Nachdem ich realUrl für die Projekte eingeschalten hatte, kam es zu Problemen! Nach langer Recherche fand ich eine Lösung.
Öffnet die typo3conf/localconf.php datei. Hier könnt ihr am Ende einen Array eintragen.

// realUrl Domains
$aPID = array(
'www.realurl-domain.de' => '1',
'www.realurl-domain2.de' => '2'
);

Danach solltet ihr eure typo3conf/realurl_autoconf.php öffnen.

'pagePath' => array(
'type' => 'user',
'userFunc' => 'EXT:realurl/class.tx_realurl_advanced.php:&tx_realurl_advanced->main',
'spaceCharacter' => '-',
'languageGetVar' => 'L',
'expireDays' => 3,
//'rootpage_id' => '1', // falls nur 1 Projekt vorhanden ist, muss man hier die rootpageID eintragen
'rootpage_id' => $aPID[$_SERVER['HTTP_HOST']],
'disablePathCache' => 1,
'postVarSet_failureMode' => '',
),

Sobald ihr diese Änderungen in realUrl_autoconf.php und localconf.php vorgenommen habt, solltet ihr keine Probleme mehr mit mehreren Domains in einer Typo3 Installation haben.

Update:
Hier zu noch die .htaccess

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^domain1.de$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://www.domain1.de/$1 [QSA,R=301,L]

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^domain2.de$ [NC]
RewriteRule ^(.*) http://www.domain2.de/$1 [QSA,L,R=301]